La EFSA ha publicado una opinión científica sobre la aplicación de la Secuenciación del Genoma Completo (WGS) y la metagenómica en la investigación de brotes, atribución de fuentes y evaluación de riesgos de patógenos transmitidos por alimentos.

Esta publicación proporciona un DAFO sobre el uso de WGS y metagenómica para el serotipado de Salmonella y de Escherichia coli (STEC) productora de Shigatoxina y para la identificación de bacterias determinantes en la resistencia antimicrobiana (RAM).

Secuenciación del genoma completo (WGS)

La WGS es una herramienta que aporta el nivel más alto de discriminación de cepas bacterianas para la investigación de brotes transmitidos por alimentos y la atribución de las fuentes alimentarias. Además, es muy precisa en cuanto a la identificación de peligros, centrando la evaluación de riesgos y gestión de riesgos.

Metagenómica

La metagenómica tiene el potencial de detectar y caracterizar microorganismos no cultivables, difíciles de cultivar o de crecimiento lento, para el seguimiento de determinados genes de patógenos alimentarios y para la evaluación de la composición y funcionalidad de comunidades microbianas complejas.

Ventajas de WGS y metagenómica en comparación con los métodos microbiológicos actuales establecidos en la normativa europea:

  • WGS es una herramienta que ofrece en un solo ensayo información sobre el serotipo en el caso de Salmonella y STEC, y sobre la presencia de un conjunto extenso de determinantes de RAM.
  • Se puede alcanzar un alto nivel de fiabilidad entre el fenotipo y el genotipo con el serotipo Salmonella y STEC y para la monitorización de RAM usando WGS, lo que sugiere que estos enfoques pueden producir resultados fiables en el contexto de las regulaciones europeas.
  • Para Salmonella y STEC, la mayoría de los aislamientos, previamente no tipificables por serotipos convencionales, se pueden serotipar utilizando datos derivados del genoma.
  • Para STEC, el serotipado basado en WGS es una técnica más precisa y discriminatoria en comparación con el serotipo fenotípico y sería apropiado incorporar este enfoque en las regulaciones pertinentes de la UE.
  • Las regulaciones relevantes de Salmonella deben tener en cuenta el esquema White – Kauffmann – Le Minor que incorpora datos tanto fenotípicos como genotípicos.
  • Para RAM, el grado limitado de desacuerdo entre el fenotipo y el genotipo está relacionado principalmente con alteraciones cromosómicas o expresión variable de genes de resistencia. El uso de WGS puede proporcionar información adicional sobre los genes presentes y su potencial de difusión para transferencia horizontal de genes. La evaluación de esta opinión confirma la conclusión de que sería apropiado seguir un enfoque gradual para la integración de WGS en la monitorización de RAM.
  • En el período de transición de la implementación de WGS, el cambio a WGS puede conducir en una primera fase a adaptaciones operativas de los servicios de referencia a nivel nacional e internacional y a dificultades en el intercambio de datos.
  • La metagenómica muestra el potencial para ser utilizado para la monitorización de RAM, ofreciendo algunas oportunidades adicionales, pero también algunas limitaciones en comparación con WGS.
EFSA-Whole genome sequencing and metagenomics for outbreak investigation, source attribution and risk assessment of food-borne microorganisms

Otras opiniones científicas EFSA sobre WGS:

Recopilación y análisis de datos de secuenciación de genoma completo de patógenos transmitidos por los alimentos
Plataforma Europea de secuenciación de genoma completo en la vigilancia de patógenos