Recopilación y análisis de datos de secuenciación de genoma completo de patógenos transmitidos por los alimentos

EFSA y ECDC han evaluado conjuntamente las soluciones disponibles para la recopilación y el análisis de datos de secuenciación del genoma completo (WGS) para Listeria monocytogenes, Salmonella y Escherichia coli.

1. Análisis del resultado de las encuestas sobre el estado de la utilización de WGS para patógenos transmitidos por los alimentos en países de la Unión Europea en los sectores de la alimentación y de la salud pública.
2. Análisis de la consulta dirigida a expertos en evaluar los sistemas de última generación de recopilación y análisis de los datos de WGS en Europa
3. Involucración de las grupos de interés relevantes para evaluar las necesidades y requisitos para el análisis y comparativa de los datos de WGS
4. Elaboración de un informe técnico sobre la identificación y comparación de soluciones potenciales para la configuración y el funcionamiento de un sistema conjunto EFSA-ECDC para recopilar y analizar datos de WGS.

En primer lugar, se identificaron los requisitos técnicos y, posteriormente, se priorizaron y agruparon según la funcionalidad. A continuación, se describieron detalladamente once plataformas (como soluciones) que integran las funcionalidades relevantes para recopilar, analizar y visualizar datos de WGS. Y, por último, se evaluó el grado de cumplimiento de los requisitos por cada una de las Plataformas:

La evaluación ha dejado claro que ninguna plataforma cumple con todos los requisitos críticos y cada una de ellas tiene lagunas importantes respecto a los requisitos no cumplidos. Por tanto, se consideraron escenarios consistentes en una combinación de varias plataformas.

El presente informe presenta un generador de escenarios que incluye las lagunas significativas para cada solución y su funcionalidad, así como las limitaciones y riesgos que se deben tener en cuenta al configurar una base de datos conjunta ECDC-EFSA para la recopilación y análisis de datos de WGS.